Przyjęta przez Sejm wersja ustawy o podatku bankowym jest korzystniejsza dla budżetu państwa od jej poprzedniego wariantu – przede wszystkim z powodu wyłączenia z podstawy opodatkowania obligacji skarbowych posiadanych przez banki. Ta zmiana spowoduje, że obligacje skarbowe staną się bardzo atrakcyjną klasą aktywów dla banków – dla Skarbu Państwa oznacza to niższy koszt obsługi długu w 2016 r, bo spadną rentowności (wzrosną ceny) obligacji skarbowych.

Może nastąpić natomiast negatywny efekt „wypychania” kredytu dla sektora prywatnego przez zakup obligacji skarbowych, a więc formę kredytu dla budżetu. Podniesienie stawki podatku do 0,44 proc. rocznie oznacza silniejszy wzrost marż kredytowych i wyższe koszty nowych kredytów dla klientów banków i silniejszą negatywną reakcję realnej sfery gospodarki (mniejszy popyt na kredyty dla gospodarstw domowych i kredyty inwestycyjne). Podniesienie stawki podatku będzie szczególnie niekorzystne dla banków hipotecznych, które mają ograniczoną możliwość generowania dodatkowych przychodów. Z punktu widzenia sektora bankowego, taka konstrukcja podatku będzie mniej korzystna dla banków o większym udziale płynnych aktywów w bilansie oraz banków udzielających kredytów o niskiej marży ( a więc o niższym ryzyku) a bardziej korzystna dla banków prowadzących działalność wysoko-marżową (a więc o wyższym ryzyku) i mających duże portfele obligacji.

Podatek w takim kształcie będzie silniej wpływał na zysk netto poszczególnych banków, i będzie miał bardziej negatywny wpływ na zysk netto banków o dużej płynności (posiadających dużo bonów pieniężnych NBP, które nie są zwolnione z tego podatku) i niewielkich portfelach obligacji. Podatek bankowy w tej wersji płacony przez konkretny bank będzie silniej zależał od struktury bilansu banku niż w wersji poprzedniej i będzie silniej różnicował sytuację poszczególnych banków. Dochody budżetu Państwa z tytułu tego podatku powinny wynieść ok. 4,4 mld złotych w 2016r.